Aktuell spielen im Nachwuchsleistungszentrum des FC Carl Zeiss Jena über 300 Spieler und Spielerinnen in zehn Junioren-Teams von der U10 bis zu U21 und in fünf Juniorinnen-Teams von der U12 bis zu U21. Unter dem Motto "Wettkampf mit den Besten - Ausbildung mit System" hat der FC Carl Zeiss Jena e.V. ein umfassendes Konzept zur Nachwuchsförderung erarbeitet, an dem sich Spieler, Trainer, Funktionäre und Eltern orientieren.